- Un nivel político, conformado por la Asamblea General de Asociados y la Junta Directiva

- Un nivel de conducción estratégica, a cargo de un Directorio, conformado por un director ejecutivo y cuatro directores temáticos, que son apoyados en la operación por tres gerencias (Operaciones, Capital Humano, Administrativa Financiera).

- Un nivel operativo, donde se encuentran las Unidades Estratégicas de Acción (UEA) que son las encargadas de ejecutar los procesos técnicos de la institución.

- La base técnica institucional es respaldada por la Plataforma de Servicios, que es un órgano de soporte que opera transversalmente para facilitar la operación administrativa y financiera institucional.

Actualmente existen doce Unidades Estratégicas de Acción conducidas por líderes institucionales. Tres de estas unidades (INBioparque, Editorial y Bioprospección) son lideradas por gerentes, que deben conducir no solo procesos técnicos sino también empresariales. La estructura permite a su vez la creación de unidades ad-hoc para atender proyectos específicos en un tiempo determinado.